作为一种相当精密的仪器，超声显微镜内部结构很复杂，错误的使用方式可能会造成仪器损坏，也会影响其性能，从而作出错误的判断。为能更大程度的发挥仪器功能，需提前了解超声显微镜的使用注意事项。
1、控制环境
温度和湿度过高会使得仪器内部元件提前老化，降低其性能，易产生故障，所以应把温度控制在20~25℃，相对湿度在40%~60%。条件允许的情况下，不妨在室内安装去湿机和空调等设备，保持恒定的温湿度环境。
2、做好防火
长时间高强度运行时仪器可产生热量，因此仪器所在实验室或工作区域应配备烟雾报警器和灭火器等消防设施，定期检查和维护，若使用过程中出现异常需立即停用。
3、轻拿轻放
超声显微镜的镜体部位非常脆弱，在搬运和安装过程中需轻拿轻放，不能受到剧烈震动或碰撞；同时也不能频繁的移动或调整，不然会影响成像质量和稳定性。
4、合理调焦
调焦时先使用粗调按钮进行快速调整，使得成像大致清晰，再使用细调按钮精细调整，整个过程中需密切观察成像的变化，及时调整参数，以获得理想的成像效果。可不能过度调焦，不然会造成镜头或样品损坏，应根据成像的实际情况适度调整。
5、物镜使用
切换物镜前应保证镜头干燥清洁，不能有水分或杂质。按照观察需求选择适合的物镜倍率，若是太高会造成成像失真或模糊，若是太低就不能观察到微小的缺陷。
超声显微镜的使用注意事项，还有亮度调整需要适中，合适的亮度才能确保图像清晰，观察到细节。使用完成之后，应按照说明书正确关机，包括关闭电源、卸下样品、清洁镜体等。提醒，关机前应保存好当前的成像数据或实验结果，方便下一步分析和处理。